Sisu
- TL; DR (liiga pikk; ei lugenud)
- Mis on elektroforees?
- Ebarahuldav geeli ettevalmistamine
- Liiga palju proovi
- Halva kvaliteediga proov
Kas olete kunagi mõelnud, kuidas teadlased uurivad selliseid pisikesi fragmente nagu teie DNA? Üks meetod on geelelektroforees. Kui elektroforees tekitab tavaliselt selgeid, hõlpsasti loetavaid ribasid, mis sobivad suurepäraselt teaduslikuks tõlgendamiseks, siis varjatud tulemused varjavad andmeid mõnikord.
TL; DR (liiga pikk; ei lugenud)
Geelelektroforees võimaldab teadlastel visualiseerida lagundatud proove ja mõõta fragmentide suurusi. Valesti valmistatud agaroosgeelide määrimine, lahjendamata proovi süvenditesse laadimine või halva kvaliteediga proovide kasutamine.
Mis on elektroforees?
Geelelektroforees on teadlaste jaoks viis visualiseerida väikeste molekulide, näiteks DNA, lagundatud proove ja hinnata nende fragmentide suurust. Elektroforeesi läbiviimiseks valmistavad teadlased geeli, suspendeerides agaroosi keevas vees. Saadud polümerisatsiooni tulemusel saadakse ristuvaid suhkrupolümeere, nii et geel näib keemilisel tasemel natuke ämblikuvõrgu moodi.
Teadlased kasutavad geeli kaevude moodustamiseks lõikeinstrumenti, et nad saaksid süvenditesse laadida väga väikeses koguses lagundatud proove. Masina sisselülitamine põhjustab elektri voolu läbi geeli ja proovides olevad fragmendid hakkavad liikuma kaevudest geeli teisele küljele. Kuna geel on veepealne, liiguvad väiksemad fragmendid maatriksist kiiresti läbi, samas kui suurematel fragmentidel on vaja maatriksist läbi ronida kauem. Kui valmis, sisaldab geel tumedaid ribasid, mis tähistavad erinevate fragmentide liikumist. Teadlased mõõdavad neid ribasid ja määravad iga fragmendi suuruse määramiseks logaritmilise arvutuse, lähtudes sellest, kui kaugele see rändas.
Teadlased loodavad selgetele ribadele, kuid mõnikord määrduvad ansamblid. See määrimine on tavaliselt halvasti valmistatud geelide, lahjendamata proovide süvenditesse laadimise või halva kvaliteediga proovide tulemus.
Ebarahuldav geeli ettevalmistamine
Kui tegemist on määrdunud tulemustega, on üheks tõenäoliseks süüdlaseks halvasti valmistatud geel. Rahuldav geel polümeriseerub ühtlaselt, andes valusalves ühtlase maatriksi kogu geeli ulatuses. Kui osa geelist - tavaliselt alumine pool - laheneb enne, kui teadlane kogu salve kallab, on saadud geel ebaühtlane ja tulemuseks on määrdunud tulemused.
Liiga palju proovi
Enne proovide süvenditesse laadimist tuleb need proovid piisavalt lahjendada, et need kulgeksid läbi geeli, ilma et süvendid üle voolaksid. Kui laaditud proov on liiga kontsentreeritud, kuna teadlane unustas selle lahjendada või kasutas ebaõiget lahjendustegurit, on fragmendid kaevude jaoks liiga suured ja tekitavad määrdumist.
Halva kvaliteediga proov
Hävitamine tuleneb ka halvast proovikvaliteedist. Näiteks võib valguga saastunud või liiga palju soola sisaldav DNA-proov põhjustada määrdumist. Degradeeritud või denatureeritud proovid annavad ka kehvad tulemused, sealhulgas määrdunud ribad.
Geelelektroforees on teadlaste jaoks hämmastav viis lagundatud proovide visualiseerimiseks ja fragmentide suuruse määramiseks. Nii geeli kui ka proovi ettevaatlik ettevalmistamine vähendab määrimise võimalust ja annab selged ribad, mis sobivad ideaalselt teaduslikuks tõlgendamiseks.