Sisu
- Etüleendiamiintetraatsetaat DNA puhastamiseks
- Magneesiumkloriid DNA amplifitseerimiseks
- Etiidiumbromiid DNA värvimiseks
DNA analüüs hõlmab erinevat tüüpi molekulaarseid katseid ja bioloogilisi protseduure. DNA on habras ja keeruline tooraine, nii et selle käitlemine ja analüüsimine nõuab kemikaalide parimat kvaliteeti ja puhtaimat ettevalmistamist. Sõltuvalt analüüsist osaleb DNA uurimisel sadu kemikaale, alates happelistest ja aluselistest lahustest kuni puhvrite ja värvaineteni. Mõistmine, miks mõnda kemikaali kasutatakse, on edukate katsete läbiviimisel ning täpsete, usaldusväärsete ja reprodutseeritavate tulemuste saamiseks võtmetähtsusega.
Etüleendiamiintetraatsetaat DNA puhastamiseks
Teaduslikuks tööks puhastatakse kolme tüüpi DNA: genoomi DNA (genoomne DNA), kogu DNA rakust (kogu DNA) või plasmiididest, mis saavad ise paljuneda. Rakkude DNA täielikuks puhastamiseks kasutatakse kemikaale, mis võimaldavad raku lüüsi käigus hävitada rakus paljusid membraane. Keemilist etüleendiamiintetraatsetaati (EDTA) kasutatakse sageli magneesiumioonide eemaldamiseks, mis on vajalikud raku seinte jäikuse säilitamiseks, põhjustades nende nõrgenevat niivõrd, et need kokku varisevad või rebenevad, vabastades rakkude sisu ja DNA analüüsimiseks. Lisaks kaitseb ja säilitab EDTA DNA terviklikkust, pärssides ensüüme, mida tavaliselt esinevad rakus, mis võivad DNA fragmenteerida ja muuta selle kasutamiskõlbmatuks.
Magneesiumkloriid DNA amplifitseerimiseks
Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) on keerukas analüüsimeetod, mida kasutatakse DNA molekuli mitme tuhande eksemplari võimendamiseks, kuid see on tehniliste probleemide ja ebatäpsustega. Seetõttu viivad paljud teadlased regulaarselt läbi mitu erinevat PCR-komplekti, et leida konkreetse huvipakkuva geeni jaoks kõige optimaalsemad tingimused ja parameetrid. Üks sellise optimeerimise läbiviimiseks kasutatav kemikaal on magneesium, mis stabiliseerib PCR-is kasutatavat DNA polümeraasi ensüümi ja toimib ensüümi aktiivsuse oluliseks kaasfaktoriks. PCR-de jaoks kasutatakse magneesiumi magneesiumkloriidipuhvri kujul.
Etiidiumbromiid DNA värvimiseks
Etiidiumbromiid on värvaine, mis seostub DNA-ga, libistades interkalatsioonina tuntud protsessi käigus topeltheeliksi moodustavate nukleotiidide vahele. Seda värvainet saab seejärel ultraviolettlambiga valgustada, et saaks nähtavaks teha DNA, millega etiidiumbromiid on seotud. Etiidiumbromiidi nõuetekohaseks nägemiseks on vaja vähemalt 1 nanogrammi DNA-d, seetõttu on see üks viis PCR-ga võimendatud DNA tuvastamiseks. Kuigi see on odav ja laialdaselt kasutatav, on see ka mutageenne kemikaal, mis teadaolevalt põhjustab vähki, seetõttu on selle kasutamine laborites rangelt reguleeritud ja paljud teadlased hakkavad kasutama vähem toksilisi alternatiive.