Sisu
Kui olete DNA-proovid agaroosgeelil teinud ja pildi teinud, saate pildi hiljem salvestada, kus saate tulemusi analüüsida ja neid tõlgendada. See, milliseid asju otsite, sõltub teie katse iseloomust. Näiteks kui teete DNA-sõrme, siis soovite võrrelda kahe proovi - kahtlustatava ja võib-olla kuriteopaiga - DNA tükkide suurust. Kui töötate bakteritest pärinevate plasmiididega, peate võib-olla veenduma, et plasmiid sisaldab inserti. Järelikult sõltub teie geeli tõlgendamise viis osaliselt teie tehtud katsest. Sellegipoolest on mõned üldreeglid, mida saate kohaldada.
Alustades pildi ülaosast, mõõtke kaugus iga riba suhtes geeli "standard" rajal (teise nimega redel). Standardirada sisaldab DNA tükke, mille suurus on juba teada, nii et enne katse alustamist peaksite juba teadma nende suurust. Mõõtke ka ribalainete läbitud vahemaa igal näidisrajal.
Proovides läbitud standardite ja ribade vaheline kaugus jagatakse geeli põhjani ulatuva vahega. Tulemust nimetatakse suhteliseks liikuvuseks. Kui kasutate seda sammu kiiremini, saate aritmeetikat teie jaoks kasutada arvutustabeliprogrammi abil.
Sisestage iga standardi suhteline liikuvus ja suurus arvutustabeliprogrammi, seejärel kasutage arvutustabeliprogrammide graafikute tööriista, et luua nende andmete graafik suhtelise liikuvusega x-teljel ja suurusel y-l.
Fikseerige joon graafikule mittelineaarse regressiooni abil. Kui teil on vaja teada, kuidas seda teha, lugege arvutustabeliprogrammide abiosa. Peaksite välja tulema järgmise võrrandi:
y = (0,3) x ^ -2,5
Pange tähele, et x on siin suhteline liikuvus, y aga suurus. Pange tähele ka seda, et teie võrrandil võivad eksponendi ja koefitsiendi korral olla täiesti erinevad numbrid - see võrrand on esitatud lihtsalt hüpoteetilise näitena.
Võtke proovide ribade suhteline liikuvus ja ühendage see x-ga, et arvutada prooviribades olevate DNA tükkide suurus.
Oletame, et teie arvutustabeliprogrammi tuletatud võrrand oli tõepoolest y = (0,3) x ^ -2,5 ja konkreetse prooviriba suhteline liikuvus oli 0,68. Asendades oma võrrandi 0,68, leiate järgmise:
y = (0,3) (0,68) ^ - 2,5
Kalkulaatori abil tõstate 0,68 väärtusele -2,5 ja leiate järgmise:
y = (0,3) (2,62)
y = 0,786
mis oleks siis teie proovi ühes ribas oleva DNA hinnanguline suurus kilobaasides.
Plasmiidid
Pange tähele, et peate võib-olla mitte kasutama selle jaotise juhiseid. Sageli kasutatakse agaroosgeeli elektroforeesi, et kinnitada, et plasmiid sisaldab antud inserti. Kui te ei tööta plasmiididega, võite selle jaotise vahele jätta. Kui te siiski olete, võite neid juhiseid järgida.
Pange tähele, et kui töötate lõikamata või kärbitud plasmiididega, ei saa te ülaltoodud jaotises 1 toodud protseduuri järgi suurust hinnata. Asi on selles, et lõikamata ja nikitud plasmiidid rändavad lineaarsest DNA-st erineva kiirusega.
Võrrelge ribade arvu igal real. Tuletage meelde, et restriktsiooniensüüm lõikab DNA kohtades, kus toimub antud järjestus, mida nimetatakse restriktsioonisaidiks. Kui proovi töödeldi kahe restriktsiooniensüümiga, peaksid mõlemad sisaldama riba nii inserti jaoks kui ka riba ülejäänud plasmiidi jaoks. See tähendab, et inserdil on kaks restriktsioonisaiti, igaüks erineva ensüümi jaoks, küljest, nii et mõlema saidi jaotustükid vabastavad inserdi plasmiidist. Ainult ühes kohas olev lõikus konverteerib seevastu plasmiidi lineaarseks DNA-ks. Restriktsiooniensüümideta lõigatud proovil või ühel restriktsiooniensüümil peaks olema üks riba, samal ajal kui kahe restriktsiooniensüümiga lõigatud proovil peaks olema kaks riba.
Vaadake ribasid, mille on loonud nikitud plasmiidne DNA. Nikitud plasmiidil on lõigatud ainult üksik ahel, seega migreerub see aeglasemalt kui lõigatud plasmiid. Lõigatud plasmiidid migreeruvad omakorda aeglasemalt kui lõikamata DNA.
Hinnake vahetüki suurust, kasutades punktis 1 kirjeldatud protseduuri ja määrake, kas see vastab teie ootustele (mis varieeruvad sõltuvalt katsest).