Sisu
19. sajandil oli bioloogias raevuks taksonoomia - elusorganismide klassifikatsioon. Nii amatöör- kui ka professionaalsed looduseuurijad olid olendite kogumise ja tuvastamise hullusega nii haaratud, haruldased mardikad olid kuumad kaubad. Mikroorganismidest ja nende kohast elusolendite maailmas oli tol ajal vähe teada ja mikrobioloogia klassifikatsioon ei pälvinud sama palju tähelepanu. Vahepealsete aastakümnete jooksul on mikroobide ja mikroorganismide identifitseerimise meetodite tundmine järsult suurenenud. Osa sellest suurenemisest näitab mikroorganismide tõhus klassifitseerimine.
Taksonoomia komponendid
Taksonoomial on kolm komponenti: nomenklatuur, klassifikatsioon ja identifitseerimine. Nomenklatuur on lihtsalt liigile nime määramine. Klassifikatsioon on liikide rühmitamine ühiste tunnuste järgi - mõned neist on füüsikalised ja mõned biokeemilised. Identifitseerimiseks kasutatakse organismi tunnuseid, et teha kindlaks, kuhu ta klassifikatsiooniskeemi kuulub. Kaasaegsel taksonoomilisel skeemil on suurim, kõige kaasavam rühm domeenid. Kõige väiksem rühm on liik. Alates kõikehõlmavast kuni kõige konkreetsema tasemeni kulgevad tasemed nii: domeen, kuningriik, varjupaigaõigus, klass, kord, perekond, perekond ja liigid. Teie olete näiteks Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.
Mikroorganismid ja domeenid
Mikroorganismid on äärmiselt mitmekesised. Neid ei määratle ükski konkreetne struktuur ega funktsioon, vaid lihtsalt suurus. Mikroorganismid on nii mitmekesised, et kuuluvad kõigi kolme erineva tipptasemel klassifikatsiooni alla - kõigi kolme valdkonna alla. Üks domeen on bakterid, teine on arhaea ja viimane on eukarüa. Kõik bakterite ja arhaea domeenide liikmed on üherakulised mikroorganismid. Need on mõlemad membraanideta rakud, mis eraldavad nende geneetilise materjali ülejäänud rakust - tuuma määravad membraanid. Nii et kõik kuningriigid, füülad, klassid, korraldused, perekonnad, perekonnad ja liigid on bakterite ja arhaea domeenides mikroorganismid.
Üherakulised protistid
Eukarüa on organismid, mille rakud sisaldavad tuuma. Paljud eukarüootsed organismid on üherakulised mikroorganismid, kuid paljud teised - näiteks punapuu puud või sina - mitte. Seega on vajalik täiendav klassifikatsioon. Eukarya domeenis asuv Protista kuningriik koosneb ainult üherakulistest mikroorganismidest. Protistid jagunevad kolmeks erinevaks füla rühmaks: neli erinevat vetikafüüli, neli erinevat algloomade füülat ja kaks erinevat hallitusfüüli. Kuid kõik nende füla organismid - kõik Protista kuningriigis - on mikroorganismid.
Mikroskoopilised seened
Seente kuningriik asub domeenis Eukarya. Osa seentes asuvatest füüladest sisaldab mikroorganisme. Näiteks phylum Zygomycota sisaldab mikroskoopilisi leivavorme ja phylum Ascomycota sisaldab pärmi ning mikroobseid taimekahjureid ja -parasiite. Samblikud on seene ja fotosünteetilise organismi sümbiootiline koosseis - sisalduvad osaliselt seente kuningriigis ja osaliselt teistes kuningriikides või isegi muudes valdkondades.