Sisu
Fossiilid võib nende säilitusprotsessi alusel jagada viide tüüpi. Kui organism maetakse setete poolt, võib sette kivimiks muutumisel fossiil maha jääda. Organismide kivimisse jäetud muljed ei ole algupärased materjalid, nagu olendi kude ja luustik. Orgaaniline materjal asendatakse, muundatakse või lahustatakse geoloogilise aja jooksul ära.
Permineraliseerimine
Pärast organismi matmist võib tühjadesse kohtadesse tungida põhjavesi. Kui vesi on rikas mineraalide poolest, sadestuvad need välja või kristalliseeruvad organismiga sama kujuga. Kristallid täidavad ja asendavad organismi, mis lahustub. Kui organism laguneb aeglaselt, võib moodustuda rohkem kristalle, pakkudes kõrgemat detailsust.
Vormid ja valandid
Sageli eemaldatakse organism aja jooksul täielikult lahustumise või lagunemise teel. Organismi kadumisel tekkinud õõnsused võivad settega täita. Kui organism on kadunud, jääb kivisse vaid mulje. Kui fossiil on organismi välisilme negatiivne külg, moodustub hallitus. Kui organism täidetakse setetega, on tegemist valendikuga.
Ümberkristallimine
Kui orgaanilist materjali ei eemaldata, saab seda muuta fossiilide osaks. Sette matmisel tekkiv kuumus ja rõhk võivad muuta organismist pärineva algmaterjali struktuuri. Luudes sisalduv kaltsium võib rekristalliseeruda kaltsiidiks või aragoniidiks. Ümberkristalliseeritud organismi ühendid on ümberkorraldatud, moodustades uusi mineraale. Ümberkristalliseerumine toimub kõige sagedamini luudes või kestades, kus on palju kaltsiumi.
Karboniseerumine
Elusad asjad sisaldavad suures koguses süsinikku. Kui nad on maetud ja kokku surutud, võivad need muutuda algse organismi tumedateks mustadeks hallitusseenteks. Intensiivne kuumus ja rõhk purustavad fossiili ja moonutavad seda. Piisava kuumuse ja rõhu korral moodustub kivisüsi. Taimelehtede fossiile leitakse moonutamata, kuid karboniseeritud, kuna need asuvad lamedalt ja on kahemõõtmelised. Materjali ei eemaldata karboniseerimisega, vaid seda muudetakse.
Bioimmuratsioon
Eluvormid kasvavad mõnikord üksteise kohal. Mereelu, näiteks korall, loob omavahel põimunud struktuure, mis sageli tarvitavad või ümbritsevad teisi koralli- või merikäsna tükke. Korallide fossiilsete jäänuste sisse võivad jääda vormid või õõnsused, mis ise on eraldi fossiilid. Kõva kooreta organism jätab teda ümbritsevas suuremas olendis tühjad kohad.