Sisu
- DNA üldine ekstraheerimine
- Taime- ja loomarakud
- Taimede DNA ekstraheerimine
- Loomade DNA ekstraheerimine
- DNA erinevused
Kaheahelalise DNA struktuur on kõigis elavates rakkudes universaalne, kuid loomade ja taimede rakkudest genoomse DNA eraldamise meetodites esinevad erinevused. Ehkki genoomne DNA elab rakkude tuumas, sõltub ekstraheeritud DNA kogus ja puhtus raku tüübist ja suurusest. Näiteks sisaldavad teatud rakud rohkem DNA-d ja lisandeid kui teised. DNA ekstraheerimise erinevuste kohta saate lisateavet.
DNA üldine ekstraheerimine
Kui töödelda taime- ja loomseid rakke seebise ainega, lagundab see raku ja tuumamembraanide lipiide. Seejärel eraldub DNA segu rakumembraanidest ja valkudest. Järgmisena saate lahuses oleva DNA sadestamiseks kasutada alkoholi. Sõltuvalt proovis sisalduvast kogusest võib DNA olla nähtav palja silmaga. Kuid pidage meeles, et see lihtne protseduur ei anna tingimata kõrge puhtusastmega DNA-d.
Taime- ja loomarakud
Taimerakud erinevad loomarakkudest nende jäiga rakuseina ja organellide poolest nagu kloroplast. Need sisaldavad ka valke ja ensüüme, mis mängivad rolli fotosünteesis. Mõnel taimerakul on polüploidsus, mis tähendab, et neil on raku kohta rohkem kui üks koopia kromosoomist. Lisaks tekitavad taimedes toimuvad rakuprotsessid, näiteks fotosüntees, mitmesuguseid sekundaarseid metaboliite. Loomarakkudel pole rakuseina, kuid genoomse DNA vabastamiseks vajavad nad siiski rakumembraani lõhustamiseks kemikaale nagu naatriumdodetsüülsulfaat (SDS).
Taimede DNA ekstraheerimine
Taime genoomset DNA-d on taime raku seina tõttu keerulisem eraldada. Selle saab eemaldada homogeniseerimise teel või tsellulaasi lisamisega, et laguneda raku seina moodustav tselluloos. Lisaks võivad taimerakus olevad metaboliidid häirida genoomse DNA ekstraheerimist, saastades DNA proovi sadenemisprotsessi ajal.
Loomade DNA ekstraheerimine
Perifeerse vere leukotsüüdid on loomade genoomse DNA peamine allikas, kuid proovide kogumine on keeruline, kuna veri peab tulema otse loomalt. Veri sisaldab mitmesuguseid ühendeid, näiteks valke, lipiide, valgeid vereliblesid, punaseid vereliblesid, vereliistakuid ja plasmat, mis võivad saastada DNA proovi. Vereproovidest ekstraheeritud loomade DNA peamine saasteaine on aga heem, mis on hemoglobiini mittevalgukomponent.
DNA erinevused
Taimede ja loomade DNA erinevused peituvad heeliksi aluste järjestuses. Taimerakkudes leiduvad ühendid loomarakkudes puuduvad ja DNA alusjärjestused kajastavad seda. Samuti on genoomse taime DNA sageli suurem kui loomade DNA. Need erinevused mõjutavad ka ekstraheerimismeetodeid, saagist ja DNA puhtust.