Sisu
Geelelektroforees on tehnika, mis võimaldab DNA-d analüüsida selle koostisosade molekulide tasemel. Selle DNA visualiseerimismeetodi korral asetatakse proovid agaroosgeeli söötmele ja geelile rakendatakse elektrivälja. See põhjustab DNA fragmentide migratsiooni läbi geeli erinevatel kiirustel vastavalt nende elektrokeemilistele omadustele.
Etiidiumbromiid
Selle visualiseerimistehnika jaoks segatakse etiidiumbromiid agaroosipulbri, EDTA puhvri ja veega, et moodustada geelmaatriks enne elektroforeesi. Selle tulemusel hajuvad etiidiumbromiidi molekulid kogu maatriksis ühtlaselt. Kui geelkaevud on täidetud vastavate DNA proovide ja jälgimisvärvidega, rakendatakse pinget, et suured polaarsed ühendid tõmmatakse aeglaselt maatriksisse.
Selle liikumise ajal seostuvad DNA molekulide alused ajutiselt osakestega tänu etiidiumbromiidi laengule, lohistades neid mööda. Geeli elektroforeesi lõpulejõudmise ajaks on iga DNA molekul kogunud märkimisväärses koguses etiidiumbromiidi.
Ultraviolettvalguse toimel ilmneb etiidiumbromiidil fluorestsents. Tehnikud säravad spetsiaalselt kalibreeritud UV-valguse üle geeli, samal ajal kui masin pildistab hõõguvaid fragmente.
Metüleensinine
Kui ultraviolettvalgustit pole saadaval või see pole praktiline, saavad tehnikud muuta normaalses olukorras DNA nähtavaks, leotades valmis agaroosgeeli, mille sees on elektroforeeritud DNA, metüleensinise lahuses.
Oluliselt hüdrofoobse aniooniga kloriidsool, metüleensinise molekulid tungivad läbi kogu geeli maatriksi. Vesiniksideme kaudu kogu DNA-s põhjustab plekk-molekulide kogunemine. See suurenenud DNA plekitihedus annab sügavama sinise tooni, mis on nähtav palja silmaga.
Värvainete jälgimine
Lisaks DNA ribade suhtelisele suurusele saavad tehnikud mõõta iga fragmendi absoluutsuurust (aluspaarides), kasutades kemikaale, mida nimetatakse jälgimisvärvideks. Nähtavad ilma metüleensinise või etiidiumbromiidi lisamiseta liiguvad jälgimisvärvid nagu bromofenoolsinine ja ksüleentsüanool elektroforeesi ajal üle aragose geeli maatriksite sama kiirusega kui DNA fragmendid, mis koosnevad vastavalt 300 nukleotiidist ja 4000 nukleotiidist. Elektroforeesi korral liiguvad massiivsemad DNA fragmendid geeli maatriksist aeglasemalt kui väiksemad fragmendid. Seega, kuigi värvainete jälgimine ei mõjuta otseselt DNA fragmentide nähtavust, võimaldavad DNA fragmendi positsiooni geelis võrdlus nende värvainete positsiooniga tehnikutel "näha" ligikaudset nukleotiidide arvu, mida DNA fragment sisaldab.