Sisu
Suur osa Missouri osariigi lääneosast on kaetud metsaga, sealhulgas Mark Twaini riigimets osariigi lõunaosas. Muude Missouri elupaikade hulka kuuluvad veealused märgalad, maa-alused koopad ja asustatud linnad, sealhulgas St. Louis, Kansas City ja Columbia.
Metsad
2010. aasta sügise seisuga on Missouris enam kui 14 miljonit aakrit metsa ja ta on metsade pindala poolest USA osariikide seas seitsmendal kohal. Suur osa Show Me Statesi metsadest on eraomandis, 85 protsenti, kuid avalikkusel on juurdepääs osariikide ja rahvusparkidele. Missouri suurim metsaökosüsteem on 1,5 miljoni aakri suurune Mark Twaini riigimets. See mets on Ozarki mägede põhjamägedes ja levib üle 29 maakonna. Missouri metsade tavalisteks puudeks on harilik tamm ja Missouri jõehobu.
Märgalad
Märgalad on alad, kus maapinda katab vesi, näiteks sood, rabad ja sood. Kui Missouri asustati esimest korda 19. sajandil, oli osariigis enam kui 2,4 miljonit aakrit märgala. 2010. aasta seisuga on jäänud 60 000 aakrit - 2 protsenti osariigist. Märgalade kadu on tingitud maanteede rajamisest ja kuivendamisest põllumajanduse arendamiseks. Missourise märgalad on mitmesuguste looduslike liikide, sealhulgas rohelise konna-, kobras- ja veelinnulindude elupaik.
Koopad
Missouris elab enam kui 6000 koobast, mis teeb sellest osariigi suuruselt teise koobaste arvuga USA-s. Koopad tekivad siis, kui vesi vajub läbi maakoore lubjakivi ja aluspõhja kihtide ning hävitab nende kihtide all oleva maa. Karst on topograafia nimi, mis hõlmab koopaid ja kraanikausid. Missourise koobastes elab enam kui 900 maismaa- ja mereloomaliiki, näiteks Ozarki koopakalad, koopasalamder, kääbus-Ameerika kärnkonn ja idapoolne Phoebe, linnuliik. Teatud koobastes, sealhulgas Onandaga koobastes ja Onyxi mäestiku koobastes, on üldsusele kättesaadavad giidiga ekskursioonid.
Linna
Linnaökosüsteem hõlmab inimese arendatud linnu ja seda, kuidas need piirkonnad mõjutavad ümbritsevat keskkonda. Missourise linnaökosüsteem koosneb umbes 6 miljonist inimesest, kes elavad enam kui 960 linnas. Missouri kaks suurimat linnaökosüsteemi on Kansas City ja St. Louis. Keskkonnaohututel linnaökosüsteemidel on tõhus sudukontroll, teede infrastruktuurid ja veevarustussüsteemid. Keskkonnasäästliku linnatunnuse näiteks on St. Louis Metro Transit süsteem, mis on suduvaba transpordiliik. Linnaökosüsteemidel on ka valitsuse kaitstud ja hooldatud linnapargid, mis pakuvad looduslikku keskkonda puude, looduslike liikide ja järvedega. Missouri suurte linnaparkide hulka kuuluvad metsapark St. Louis'is ja Riverfront Park Kansas Citys.