Sisu
Peamised bakteriliigid klassifitseeriti traditsiooniliselt füüsikaliste tunnuste või reaktsioonide järgi eri tüüpi värvimisele. Molekulaargeneetika tulek on võimaldanud bakterirühmad hoolikamalt jagada. Paljud teadlased usuvad, et bakterite vana klassifikatsioon tuleks jagada kaheks või enamaks kuningriigiks.
Kuningriigid
Elusolendite kõrgeim klassifikatsioon on kuningriigid. Bakterid klassifitseeriti kunagi ühte kuningriiki, mida tunti Protista nime all, kuid paljud teadlased väidavad, et vana kuningriik tuleks molekulaarsete geneetiliste tõendite põhjal jagada kaheks kuningriigiks. Uuteks kuningriikideks on tõelised bakterid, eubakterid ja iidsed bakterid, arhebakterid, mis elavad tänapäeval ekstreemses keskkonnas. Mõned soovitavad uut fülogeneetilist jaotust, mida tuntakse domeenide või superdomedena, kuna arhebakterid on nii erinevad, siis võiks nad jagada kolmeks omaette kuningriigiks: Crenarchaeota, termofiilsed bakterid; Euryarchaeota, halofiilsed ja metanogeensed bakterid; ja Korarchaeota, leiti kuumadest allikatest.
Phylums
Muude bakterite kui arhebakterite puhul on viis erinevat viljakeha, järgmine haru asub fülogeneetilise puu kohal. Proteobakterid on taimedega sümbiootilised ja aitavad neil atmosfäärist lämmastikku kinnistada. Sinivetikad on tuntud kui sinakasrohelised bakterid. Eubakterid on traditsiooniliselt klassifitseeritud grampositiivsed bakterid ja nende rakuseinad on erineva kihiga kui teised bakterid. Spirochetes kasvavad spiraalsetes kolooniates. Klamüüdiad on rakusisesed parasiidid.
Traditsiooniline klassifikatsioon
Baktereid võib kirjeldada kui patogeenseid (haigusi põhjustavaid) või mittepatogeenseid. Neid võib kirjeldada ka grampositiivsete või gramnegatiivsetena. See viitab sellele, kas nad imavad värvi Gram-värvimisega või mitte. Gram-positiivsetel bakteritel puudub välimine rakumembraan ja peptidoglükaanid võimaldavad neid värvida kristallvioletiga. Gramnegatiivsetel bakteritel on välimine rakumembraan, kuid neil puuduvad peptidoglükaanid, mis takistab nende värvimist.